Seitens der etablierten Natur- und Geisteswissenschaften wurde die Prä-Astronautik heftig kritisiert. Den Verfechtern dieser Ansicht wird dabei vorgeworfen, historische Texte oder religiöse/mythische Überlieferungen nur auszugsweise zu lesen, lediglich Übersetzungen zu interpretieren oder den kulturellen Kontext außer Acht zu lassen.
Ein wichtiger Kritikpunkt besteht darin, dass die geistige und kulturelle Schaffenskraft der Menschen früherer Epochen weit unterschätzt werde. Das Eingreifen hochtechnisierter Außerirdischer oder unbekannter alter Hochkulturen in die bekannte kulturelle Entwicklung erinnert dabei frappierend an religiöse Schöpfungsmythen, den Theorien heutiger Kreationisten oder des „Intelligent Design“, demzufolge ein Aufstieg des Menschen aus eigener – biologischer und kultureller – Kraft nicht möglich war, sondern erst mit dem Eingreifen einer höheren Macht erfolgreich durchgeführt wurde. Dabei bietet die Prä-Astronautik keinerlei Lösungsansätze für die Entstehung von Intelligenz und Kultur im Allgemeinen, denn das Problem wird "nur" zeitlich nach hinten oder räumlich von der Erde weg verlagert. Es stellt sich dann die Frage, wie kamen denn die Außerirdischen oder frühen technischen Hochkulturen zu ihrer Intelligenz und Kultur. Der Einwand der Prä-Astronautik, auch diese seien von anderen Wesen beeinflusst worden, verlagert in diesem Falle das Problem ebenfalls nur noch weiter in zeitliche Vergangenheit und örtliche Distanz. Dadurch kämen wir zeitlich und räumlich bis an die Grenzen des – möglichen – Lebens im gesamten Universum. Sollte dann die theoretisch erste Ursprungskultur evolutiv aus sich selbst heraus entstanden sein, so wird dieser etwas zugesprochen, was für die Entstehung des Menschen und der menschlichen Kultur strikt abgelehnt wird. Andererseits sollte diese dann durch einen wie auch immer gearteten göttlichen Schöpfungsakt entstanden sein, so wäre die Prä-Astronautik tatsächlich nur eine Variante des Kreationismus.
Neben diesem philosophischen Problem entzieht sich die Prä-Astronautik aber auch ganz allgemein dem wissenschaftlichen Reduktionsgedanken. Bei einem Vorhandensein mehrerer Erklärungsmöglichkeiten müsste im Anliegen des Sparsamkeitsprinzips der Wissenschaftstheorie (Ockhams Rasiermesser) die Theorie mit der einfachsten Annahme auch die am besten passende sein. Genau das vernachlässigt die Prä-Astronautik im wissenschaftlichen Sinne aber auf das gröbste. Zwar rechtfertigt sie eventuell das Vorhandensein bestimmter Phänomene in der menschlichen Vergangenheit, doch der angenommene Einfluss durch Außerirdische oder eine frühe hohe technische Zivilisation erklärt wiederum weder den Ursprung dieser( zu erklärenden) Erscheinungen noch den der (erklärenden) Verursacher selbst und schafft nur ein neues Problem (die Verursacher), welches erneut interpretiert (also erklärt) werden muss. Somit wird eine unbekannte Variable mit Hilfe dieser Erklärung zwar reduziert, durch die Erklärung selbst wird aber gleichzeitig eine noch unbekanntere Größe produziert, die wiederum auf eine neue Erklärung wartet.


Ein weiterer Kritikpunkt ist auch der Aufbau der Prä-Astronautik als grenz- oder pseudowissenschaftliches Teilgebiet. Die Existenz von Lehrkörpern, Seminaren und (überwiegend populärwissenschaftlichen) Vorträgen, (ebenfalls überwiegend populärwissenschaftlichen) Publikationen oder die Ausschreibung von Förder- und Forschungspreisen geben ihr den Anschein einer seriösen Wissenschaft. Abgesehen davon kommt es aber selten zu Überschneidungen mit den etablierten Wissenschaften. Die Vorgehensweise der etablierten Wissenschaften, wie etwa die Anerkennung eines wissenschaftlichen Resultates durch eine Veröffentlichung in einer weitverbreiteten oder allgemein zugänglichen wissenschaftlichen Zeitschrift bzw. Monographie unter der Prämisse der jederzeit vorhandenen Wiederholbarkeit der Eruierung oder Nachvollziehbarkeit des Ergebnisses wird weitgehend vermieden wie auch die Diskussion unterschiedlicher Ansichten mit wissenschaftlichen ebenfalls nachvollziehbaren Argumenten, wobei die Ansichten entweder verifiziert oder falsifiziert werden können. Problematisch in diesem Zusammenhang ist dabei die Heranziehung singulärer Objekte, die manchmal erst durch weitere natur- oder geisteswissenschaftliche Arbeit einen tieferen Hintergrund oder Kontext erhalten, oder von Gegenständen zweifelhafter Herkunft, die nur schwer als Beweise oder Indizien herhalten können. Wissenschaftlich sträflich ist dabei aber die Nutzung von Artefaktgruppen, die nach allen Erkenntnissen als Fälschungen anzusehen sind (siehe Diskussion um die Kristallschädel).
Abseits dieser generellen Debatte und Fundamentalbeurteilung wird die Prä-Astronautik auch inhaltlich kritisch gesehen bzw. abgelehnt. Hervorzuheben ist dabei die bereits oben erwähnte außerkontextuelle Betrachtung von Texten, Einzelobjekten oder kulturellen Komplexen. Neben dem Herausreißen aus dem inhaltlichen Zusammenhang der jeweiligen kulturellen Epoche und/oder Region ist aber auch von Bedeutung, dass zahlreiche auftretende, teils ähnlich wirkende kulturelle Phänomene historisch oder prähistorisch keine Gleichzeitigkeit besitzen sondern im Gegensatz dazu unterschiedliche Altersdaten aufweisen. Vor allem aber ist diese nicht vorhandene Isochronie solcher Erscheinungen ein großer Schwachpunkt der Prä-Astronautik. Als Beispiel sei hier wiederum die fast weltweit verbreitete Idee des Pyramidenbaus genannt, deren Zusammenhang mit religiösen Überlieferungen in allen Regionen außer Zweifel steht. Nach Ansicht der Vertreter der Prä-Astronautik , kann diese, wie bereits beschrieben, mehrere mögliche Ursachen haben. Einerseits wäre es möglich, dass diese Idee durch mehrfache, zeitlich getrennte Einflüsse durch außerirdische Wesen oder Vertreter früher technischer Hochkulturen entstand (Altes Ägypten ab 25. Jh. v. Chr., Mesoamerika ab ca. 15. Jh. v. Chr.). Demzufolge hätten die Initiatoren die Erde mehrfach besucht oder die Überlebenden hätten unentdeckt (auch für die heutige Wissenschaft) in den einzelnen Regionen bis zur Ideeninitiation gelebt haben müssen. Andererseits, wäre diese Idee nur einmal an die Alten Ägypter vermittelt worden und hätten diese sie über hypothetisch mögliche, bisher aber nicht gesicherte kulturelle Kontakte nach Mesoamerika gebracht (z. B. wie häufig diskutiert zur Zeit Ramses II. ca. 13. Jh. v. Chr.), so wäre dies zu einer Zeit geschehen, als in Ägypten schon längst keine Pyramiden mehr gebaut wurden. Hier müsse gefragt werden, warum jemand eine Idee weitervermittelt haben soll, die er selbst nicht mehr pflegte. Es ist daher eher anzunehmen, dass es sich um analoge kulturelle Entwicklungen (im Sinne der biologischen Konvergenz) handelt, abgesehen von der Tatsache, dass ägyptische und mesoamerikanische Pyramiden nur den – erst später von externen Kulturgruppen geprägten und auf die Form der Bauwerke reduzierten – Namen gemeinsam haben und ansonsten unterschiedliche Funktionen aufweisen (auch hier: Ausnahmen bestätigen die Regel), wiewohl letztgenannte architektonisch und funktionell eher den mesopotamischen Zikkuraten näher stehen. Dieses Beispiel soll zeigen, dass viele kulturelle Phänomene nur äußerlich scheinbare Übereinstimmungen haben, bei genauerer Betrachtung aber innerlich oder genetisch starke Unterschiede aufweisen (in diesem Falle ein Apfel-Birnen-Vergleich), womit hier die Deutungsfähigkeit der Prä-Astronautik an ihre Grenzen gelangt.
Ähnliches kann neben diesen extrakontextuellen Betrachtungen von Einzelobjekten oder Kulturerscheinungen auch zu prä-astronautischen Theorienfindungen mit umfassenderen Fragestellungen gesagt werden. Hier sei das Beispiel der Menschwerdung und der allgemeinen kulturellen Entwicklung genannt. Zwar wurde bereits zu Anfang erwähnt, dass durch die Einwirkung höherer Mächte entweder in der gesamten ursprünglichen Menschwerdung und/oder aber bei einer später durchgeführten Intelligenzinitialisierung die Prä-Astronautik in Konkurrenz zum Kreationismus bzw. "Intelligent Design" steht und als deren weniger konservative, technikgläubigere und damit progressivere Variante erscheint, das eigentliche Problem oder Phänomen aber nicht erklärt. Die Frage nach den "missing links" zwischen den modernen heutigen Menschen und seinen affenähnlichen Urahnen seitens der Vertreter der Prä-Astronautik ist dabei Resultat der Nichtakzeptanz oder des Nichtverstehens der biologischen Evolutionslehre wiewohl die vorhandene (hier stark vereinfachte und überblickscharakter tragende) Genealogie von (grazilen) Australopithecinen-Homo habilis-Homo erectus-Neandertaler (als europäische-westasiatische Menschenvariante)/ früher anatomisch moderner Mensch als solche Bindeglieder verstanden werden können (und im evolutionären Sinne auch müssen), wobei überlieferungsbedingt (Fossilisation) theoretisch nicht alle vorhanden sein müssen. Auch die zeitliche Distanz der mehrere Millionen Jahre dauernden Menschheitsgenese und der parallelen kulturellen Adaptation und Entwicklung ist dabei von Bedeutung. Das die Menschheit den Großteil ihrer Existenz in " steinzeitlichen" Verhältnissen verbrachte und scheinbar keine Innovation hervorbrachte bzw. im Umkehrschluss der Großteil technischer und kultureller Erfindungen erst in den letzten 10.000 Jahren stattfand, ist dabei einerseits auch wieder ein Produkt aus dem Unverständnis der Vorgehensweise der prähistorischen Wissenschaften, welche sich weitgehend nicht als dynamische Geschichtsabfolge (im Sinne der Darstellung schriftlich nicht überlieferter geschichtlicher Ereignissen) versteht sondern die Beschreibung eines gegenwärtig eruierbaren Ist-Zustandes an einem bestimmten Ort zu einem bestimmten Zeitpunkt in der (prähistorischen) Vergangenheit liefert. Hier sind natürlich ebenfalls aufgrund überlieferungsbedingter Einschränkungen mehr oder weniger große Lücken vorhanden bzw. stellt der jeweils gegenwärtige Kenntnisstand nur einen "Minimalzustand" der ehemaligen Realität dar. Andererseits spiegelt sich auch hier wieder Unkenntnis oder Kenntnisverweigerung in Fragen biologischer Evolutions- und Populations- sowie gesellschaftlicher und kultureller Entwicklungs-, Koexistenz- und Interaktionsdynamiken wider. Dass demnach in dieser langen "innovationslosen" Zeit theoretisch nun Platz für eine oder mehrere frühe Hochkulturen und/oder der Besuch von außerirdischen Wesen ist, erscheint deshalb aus Sicht der etablierten Natur- und Geisteswissenschaften nicht nur unlogisch sondern ist auch nicht nachvollziehbar.